咸丰元年辛亥恩科（1851年）顺天乡试举人后，通过捐纳制度入仕。最初任刑部主事、郎中，咸丰五年‏(1855年)‏调任河南司主事，负责实录馆校对。因校对《清宣宗实录》严谨尽职，升任郎中。咸丰九年‏(1859年)‏，卞宝第通过御史人选考试。咸丰十一年‏(1861年)‏，升浙江道监察御史。同治二年‏(1863年)‏，卞宝第升任顺天府尹。同治五年‏(1866年)‏，卞宝第上书朝廷，恳请去职还乡赡养老人。慈禧太后“温旨慰留”。8月，被任命为河南布政使，也以不胜重任为由请辞。同治六年‏(1867年)‏，调任福建巡抚。同治九年‏(1870年)‏，卞宝第以双亲终养上书请求告老还乡。清廷以其“简任福建以来，办理一切俱臻妥协，未便遽易”为由，不准去职，但赏给3个月假期回原籍。卞宝第回乡后，再次要求去职，得到准许，家居十余年。在同治十年家居期间，与晏端书、钱振伦总纂《续纂扬州府志》，三年工峻梓刻成书。光绪五年‏(1879年)‏，卞宝第在家丁母忧时，朝廷屡下诏书催其进京述职。卞宝第以病势严重为由拖了很久才到北京。光绪八年‏(1882年)‏，被任命为湖南巡抚。光绪十一年（1885），卞宝第还任湖南巡抚，后署湖广总督。在湖南期间，曾主持编纂《湖南通志》。光绪十四年‏(1888年)‏，卞宝第升任闽浙总督。光绪十八年（1892年），因惜船政经费被挪用筹建北京颐和园，卞宝第愤而称病辞职回乡。次年卞宝第积劳成疾逝世于故里。卞宝第著有《方岳采风录》、《闽峤輶轩录》、《抚湘公牍》、《政书》等。其子为辑疏稿十二卷，名曰《卞制军奏议》。
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