能诗，善画，工书。

四岁丧父。光绪三年（1877年）袭衍圣公，就读于家学。十四年（1888年）受清德宗陛见，多所赏赐。在京期间，与吏部右侍郎孙毓汶之女成婚。十五年（1889年），任翰林院侍讲，正式主持衍圣公府务。十八年（1892年），署理四氏学堂学务。二十四年（1898年），捐款集钱，于全曲阜县16社各设初等小学堂1所，城内设高等小学堂1所。三十三年（1907年）春，奉旨稽查山东学务。

中华民国元年（1912年）2月，上书恭贺袁世凯就任临时大总统。受推举为国会议员，坚辞不就。次年，袁氏就任正式大总统，准予衍圣公仍旧膺受前代荣典、祀典，并颁给一等嘉禾章、一等大绶宝光嘉禾章。民国四年（1915年），袁世凯图谋复辟帝制，孔令贻积极参与筹安会活动。袁复辟后，加郡王衔。民国六年（1917年）7月，溥仪复辟，孔令贻发电致贺。民国八年（1919年），入京为溥仪祝寿。同年秋再次赴京，背疽突发，11月8日病逝于太仆寺街衍圣公府。